Звонок.
-Андрей, все ярлыки стали выглядить как кнопка Media Center, клацаешь два раза по Total Commander открываться Windows Media Center, по Опере, тоже самое, Media Center, что делать?
- Сейчас прийду
Пришёл.
На самом деле, прихожу к нему в гости,  все ярлычки на рабочем столе одного цвета.
cmd не запускается в безопасном режиме тоже самое.

Решение:
Что самое интересное в моем случае открывался блокнот  хотя он и exe файл (notepad.exe)
1) Запускаю блокнот в нем пишу CMD. далее Файл -> Сохранить как -> в имени файла пишу 1.bat
2)Запускаю 1.bat открывается любимый интерпретатор CMD.

3)В черном окошке проверяю связи между расширениями имени и типами файлов.
Воспользуюсь программой assoc которая покажет текущие связи.
Для восстановления связей exe, lnk, com
напишем:

assoc.exe=exefile 
assoc.lnk=lnkfile 
assoc.com=comfile

4)Перезагрузка системы.

P.S. Если не помогло:
опять же вызываем наш интерпретатор CMD через 1.bat, вызываем восстановление системы через программу rstrui откатуваемся на один шаг назад.
Перезагружаемся.
Ну и если опять не помогло:
восстанавливаем с помощью reg файла
скопировать код в блокнот и сохранить с именем 1.reg,
выполнить 1.reg с внесением данных в реестр.

Windows Registry Editor Version 5.00

[HKEY_CLASSES_ROOT\.exe]
@="exefile"
"Content Type"="application/x-msdownload"

[HKEY_CLASSES_ROOT\.exe\PersistentHandler]
@="{098f2470-bae0-11cd-b579-08002b30bfeb}"